Η ιστορία του 47ου Δημοτικού Σχολείου Ηρακλείου ξεκινά το σχολικό έτος 1986–1987, όταν ιδρύθηκε και άρχισε να λειτουργεί σε συνθήκες συστέγασης με το 19ο Δημοτικό Σχολείο, σε κτήριο που βρισκόταν στη λεωφόρο Κνωσού. Τα πρώτα χρόνια χαρακτηρίστηκαν από δυσκολίες, καθώς οι ανάγκες των μαθητών αυξάνονταν και οι διαθέσιμοι χώροι δεν επαρκούσαν για την εύρυθμη λειτουργία του σχολείου.
Το 1994, έπειτα από έντονες διαμαρτυρίες γονέων, κυρίως λόγω των κινδύνων που αντιμετώπιζαν τα παιδιά κατά τη διάσχιση της πολυσύχναστης λεωφόρου Κνωσού, το σχολείο μεταφέρθηκε σε ενοικιαζόμενο χώρο στην οδό Σταυρινίδη 1, στην ιδιοκτησία του κ. Φουντάκη. Η μεταστέγαση αυτή αποτέλεσε μια προσωρινή λύση.
Το 1997 συγκροτήθηκε νέα σχολική επιτροπή, η οποία ανέλαβε ενεργό ρόλο στη διεκδίκηση μόνιμων και σύγχρονων εγκαταστάσεων για το σχολείο. Οι προσπάθειες αυτές καρποφόρησαν το 2001, όταν εγκρίθηκε η κατασκευή νέου σχολικού κτηρίου στην οδό Κρασαδάκη. Τότε έγινε και μία πρόταση από το σύλλογο δίδασκόντων προς τη Δημοτική αρχή να πάρουν το διπλανό οικόπεδο (σημερινό S/M Χαλκιαδάκη) για να μεγαλώσει η αυλή, αλλά δεν έγινε από δεκτή και έτσι το κτίριο κτίστηκε μόνο στο παρόν οικόπεδο (ιδιοκτησίας Παπαδάκη)
Κατά το σχολικό έτος 2003–2004 το σχολείο μεταφέρθηκε στο νέο του κτήριο, ενώ τα επίσημα εγκαίνια πραγματοποιήθηκαν στις 20 Ιανουαρίου 2004. Κατά τα εγκαίνια γράφτηκε ο παρακάτω λόγος απο τον εκπαιδευτικό κο Παπαδογιαννάκη Στέλιο.
Σχολειό καινούριο χτίσανε στο κέντρο τ' Αη Γιάννη
κι οι κάτοικοί του το ' χουνε στολίδι και καμάρι.
Προσπάθεια πολλών ετών είναι αυτό το έργο
κι ευχαριστούμε ολόθερμα όσους επήραν μέρος.
Γονείς παιδιά και δάσκαλοι είν' ευχαριστημένοι
γιατί με το σχολείο τους νιώθουν δικαιωμένοι.
Εγκαίνια του κάνουνε είκοσι του Γενάρη
κι όλοι το καμαρώνουνε με κέφι και καμάρι.
Ευχαριστούμε τις αρχές που 'ρθαν να μας τιμήσουν
και με πολλές θερμές ευχές να μα σε κατακλύσουν.
Διατελέσαντες Διευθυντές / Διευθύντριες
Βάμβουκας Γεώργιος
Καλεντάκης Ιωάννηξς
Τζαγκαράκης Σάββας
Φαρσάρη Στυλιανή (αναπλ.)
Παπαγιώργης Παπαδοπετράκης (2010)
Κρητσωτάκή Αθηνά (2011-2023)
Ρονιώτης Αλέξανδρος (2023-...)
